Le contrôle du SRRP est réalisé à la ferme et coordonné localement et régionalement par 10 regroupements de producteurs et d'intervenants. Les dix groupes sont:

1. CLE-Beaurivage
2. CLE-Becancour
3. CLE-Bellechasse
4. CLE-Charlevoix
5. CLE-Montérégie
6. CLE-Santé Rive Nord
7. Regroupement action santé porcine Estrie (RASPE)
8. Réseau Santé du Sud-Ouest (RSSO)
9. Réseau Santé Beauce (RSB)
10. Réseau Santé Lotbinière Appalaches (RSLA)

Une partie du territoire du Québec n'est pas couvert par les groupes de contrôle. Le groupe de la CLÉ-Montérégie fait également partie du groupe RSSO. Finalement, le territoire du syndicat du Bas-Saint-Laurent sera éventuellement annexé avec celui de la CLE-Bellechasse.